巴甫洛夫第一圣彼得堡国立医科大学成立于 1897 年 9 月，当时名为女子医学院。女权活动家 Lydia Shanyavskaya 的家人为该学院的成立提供了资金。学院校友、阿尔弗雷德·诺贝尔的侄女Marta Helena Nobel-Oleinikoff 也在最初几年捐赠了一大笔钱。

女子医学院于 1900 年在弗拉基米尔·别赫捷列夫的领导下建立了该国第二个神经病学相关科室，他一直担任神经和精神疾病科主任直至 1913 年。后来，该科室分为精神病学和神经病学科。别赫捷列夫的学生议员尼基京从 1913 年到 1937 年负责后者。

该大学多次更名：1918 年，它成为圣彼得堡女子医学院，1924 年更名为列宁格勒第一医学院。1936 年，为纪念诺贝尔奖获得者伊万·巴甫洛夫，该大学再次更名。1994 年，该学院升格为医科大学，更名为巴甫洛夫圣彼得堡国立医科大学。2013 年，该校名称中恢复了“第一”一词。在两次世界大战期间，化学与药学研究所和儿科研究所被建立为独立单位。

巴甫洛夫圣彼得堡第一国立医科大学设有多个研究机构：

肾脏病研究所
呼吸病学研究所
赖莎·戈尔巴乔娃儿童肿瘤、血液学和移植纪念研究所
颌面外科与牙科研究所
瓦尔德曼药理研究所
心血管研究所
神经生物学和精神药理学区域研究中心
俄罗斯联邦分子医学科学与方法中心
早期临床试验中心

院系：

医学院​
牙科学院
运动医学系
适应体育教育学院
儿科学院
临床心理学系
国际学生教职人员
护理研究生教育学院
护理学院
研究生教育学院
大学预科课程学院