马萨里克大学药学硕士课程旨在满足当前制药、医学和自然科学水平，实践的需要，并为继续教育（博士学习课程、专业化和终身学习）打下质量基础。

马萨里克大学的药学课程以全日制形式进行，标准学习期限为五年。药学硕士学位课程的教育目的是培养毕业生从事药剂师的医学职业。学习以国家期末考试结束，其中包括文凭论文答辩。