麦吉尔大学的微生物学和免疫学学科是天然的研究伙伴，这两个领域都使用细胞生物学、分子生物学和遗传学的现代方法来研究基本的生命过程。

微生物学是对微生物的研究，例如细菌、病毒、单细胞真核生物和寄生虫。微生物在人类和动物疾病中起着重要作用；食品生产（面包、奶酪、葡萄酒）；腐烂和变质；水和土壤的污染和净化。微生物学家研究这些微型、自我复制的机器，以了解生命的基本原理：生长、新陈代谢、细胞分裂、基因表达的控制、对环境刺激的反应。微生物学家还关注为了人类的利益而控制或利用微生物，通过分离抗生素或生产疫苗来预防疾病，以及通过开发和完善工业用途的微生物。